TPAK เป็นศูนย์วิชาการภายใต้โครงสร้างการบริหารของสถาบันวิจัยประชากรและสังคม มหาวิทยาลัยมหิดล โดยมีที่ปรึกษาและคณะกรรมการกำกับทิศทาง การดำเนินงานของศูนย์จะทำหน้าที่เชื่อมประสานการทำงานของภาคีด้านนโยบาย ภาคีวิชาการ และภาคีประชาสังคม ตลอดจนศูนย์วิชาการต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องกับการส่งเสริมกิจกรรมทางกาย ทั้งนี้ ได้กำหนดโครงสร้างการทำงานของศูนย์ออกเป็น 5 กลุ่มงาน ดังต่อไปนี้
กลุ่มงานวิจัยพฤติกรรมและปรากฏการณ์สังคม
กลุ่มงานวิจัยและพัฒนา
กลุ่มงานวิเคราะห์สถานการณ์และนโยบาย
กลุ่มงานพัฒนาฐานข้อมูล และการพยากรณ์
กลุ่มงานบริหารและสนับสนุน